L'utilisation du séquençage du génome en sécurité sanitaire des aliments (trop) peu utilisée dans les pays en développement?

C'est en tout cas ce que décrit l'article scientifique Investing in Food Safety for Developing Countries: Opportunities and Challenges in Applying Whole-Genome Sequencing for Food Safety Management paru dans FOODBORNE PATHOGENS AND DISEASE Volume 16, Number 7, 2019


Résumé de l'article (traduction):

Le séquençage du génome (WGS) est devenu un outil important pour enquêter sur les épidémies de maladies d’origine alimentaire et certains pays ont incorporé le WGS dans leurs systèmes nationaux de contrôle des aliments. Cependant, le WGS pose des problèmes techniques qui dissuadent les pays en développement de l’intégrer dans leur système de gestion de la sécurité des denrées alimentaires. Une examen de révision a été effectué, suivi d'une séance de groupe de discussion, afin de comprendre la situation actuelle en matière d'utilisation du WGS dans la surveillance des maladies d'origine alimentaire et le suivi des aliments au niveau mondial, et afin d'identifier les facteurs limitants qui empêchent les pays en développement d'adopter le WGS dans leur système de contrôle des aliments. Les résultats ont montré que certains pays développés utilisent régulièrement le WGS dans leurs systèmes de surveillance des aliments, ce qui permet de mieux comprendre les causes des éclosions. Dans les pays en développement, la connaissance du WGS existe dans les secteurs universitaires / de la recherche; Cependant, les gouvernements comprennent peu l'utilité de WGS pour les activités de réglementation de la sécurité sanitaire des aliments. Ainsi, l’incorporation de WGS est extrêmement limitée dans la plupart des pays en développement. Certains pays n’ont pas les moyens de collecter et d’analyser les données générées par WGS, mais l’écart technique le plus important dans la plupart des pays en développement réside dans l’interprétation des données au moyen de la bioinformatique. Les lacunes dans les connaissances et les capacités entre les pays développés et les pays en développement en matière d’utilisation du WGS introduisent probablement une inégalité dans le commerce international des produits alimentaires; aider les pays en développement à tirer pleinement parti de la technologie et de ses applications dans la gestion de la sécurité sanitaire des aliments.

L'article est disponible ici.

La plateforme PARERA souhaite prochainement proposer un atelier sur l'application de méthodes rapides de biologie moléculaire dans la détection des pathogènes dans les aliments. L'addition d'un volet sur le WGS (utilisation et interprétation) sera définitivement envisagée.